대표 프로그램으로는 박물관 2층 기획전시실에서 열리는 ‘해양명품 100선, 바다를 품다’ 기획전이다. 이 전시는 박물관이 수집한 해양유물 가운데 100개를 골라 관람객에게 특별 공개한다. 따라서 진귀한 유물과 이를 활용한 디지털 아트 전시 관람을 통해 과거와 현재를 오가는 경험을 할 수 있다.

그리고 가족이 함께 즐기는 프로그램으로는 ‘해양역사인물 체험’과 ‘보드랑’도 운영될 예정이다. 해양역사인물 체험은 이순신, 해녀, 콜롬버스, 독도수비대 등 해양과 관련된 동ㆍ서양 인물의 옷을 입고, 천연나무조각(팬시우드)을 만드는 체험 프로그램이다. 또 ‘보드랑’은 남녀노소, 가족이 함께 즐긴다는 의미의 보드 체험공간으로서, 박물관 내 해양도서관에서 연다.

또 특별상영 프로그램으로 360°돔시어터 애니메이션 ‘칼루오카 히나’도 마련되어 있다. 칼루오카 히나는 마법에 걸린 암초, 달의 수수께끼를 담은 두 마리의 물고기의 탐험 이야기인데 각종 국제영화제에서 상을 받는 등 작품성을 인정받은 애니메이션이다. 특히 천정에 돔스크린을 설치해 360°로 작품을 감상할 수 있기 때문에 실제로 바닷속을 체험하는 느낌을 받을 수 있다.

이밖에 2017 북극협력주간을 기념해 특별강연 및 영화상영 프로그램도 열린다. ‘북극협력을 위한 새로운 도전과 기회’란 주제로 다양한 연계행사들의 하나로 국립해양박물관은 한국해양수산개발원, 한국외대 러시아연구소와 함께 북극소수민족과 주민의 삶에 대한 강연(14일), 북극관련 영화(15일)를 상영한다. 누구나 참여 가능할 수 있다.